1937年7月1日，厦门大学正式被南京国民政府接管，改名为国立厦门大学。7月6日，教育部任命萨本栋先生为校长。紧接着便发生了“七七事变”和“八一三事变”，抗日战争全面爆发。厦大位于国防最前线且临近炮台，易成为敌人摧毁的目标，9月3日这一不好的预想便被证实：校内的生物大楼被敌军炮火摧毁。
此时，厦大师生并没有被突临的灾难吓退，而是在时任校长的萨本栋先生的带领下，乔迁新址，共同面对纷飞战火与动荡时局。
厦门大学迁至长汀
先是借闽西职业学校为临时办公处继续办公，并在鼓浪屿借得英华中学和毓德女校的部分校舍作为学生宿舍和课堂，以维持学校正常教学工作；后迁到鼓浪屿后，但仍处于战火的严峻威胁下，因而萨本栋萨校长几经考虑，决定进省城商议迁校一事。
根据时任校长萨本栋提出的3个原则，即“要留在东南最偏远的福建省内，以免东南青年向隅；要设在交通比较通达的地点，以便利闽浙赣粤学生之负笈；新校址的环境，要比较优良，以使员生得安心于教导于求学”最终决定将厦大迁往与江西省交界的山城长汀。 随后，厦门大学于1937年12月20日停课，准备迁移之事，师生从当年12月24日起开始分批出发，进行迁移。
从厦门到长汀，路途有近千里，并且闽西多山，道路崎岖，图书仪器很难搬运。在师生齐心协力下，至1938年1月12日，人员均安全抵达，剩下的不易搬运的仪器也陆续抵达长汀。
长汀地处闽西偏僻山区，初来的时候，既无校舍，又少经费，师资严重不足，可谓是一片凄凉之景。但在政府的帮助及全体师生的努力下，校舍的建造和旧房的改建热火朝天地开始了。而在这样的特殊时期，厦大师生亦没有忘记拿起手中的笔触书写救国之道与爱国志怀。
厦门大学在抗战时期出版了一系列刊物，有发展各个领域学术的，如《语言文字导刊》、《科学》、《教育周刊》、《经济》。同时，由于厦大历来就有抗日爱国的光荣传统，曾 在“九一八”事变后，出版了《救国出路》、《抗日救国须知》、《抗日救国方案》等抗日书刊。
《抗日救国方案》封面
在“七七”事变内迁长汀后，也立刻组织出版了抗日刊物《救亡言论》，其目的是在于 “能够唤起读者的警惕，对每个不愿做亡国奴的同胞说明大时代里的神圣责任，共同起来推进这大时代的巨轮”。救亡的呼吁通过文字传递给全国蒙受战火灾难的人民，在长汀办学这段时期，厦大在苦难中孕育了新生。
长汀
厦门
一个是具有一千多年历史，地处崇山峻岭的小县城；一个是濒临海滨，第一所由爱国华侨创办的高等学府，由于各自的自然和社会条件，在抗战的烽火中紧密联结起来，相依相存，同甘苦共患难，一起度过了艰难卓绝的抗战岁月。在战火中炼就的这种情缘，不仅在那烽火连天的岁月中，促进了彼此的发展，而且在此后的漫长历史洪流中愈加发出耀眼的光辉，谱写了中国教育史上灿烂的篇章。
壹
凤凰展翅，浴火重生
1937年7月1日厦门大学改归国立，7月6日国民政府教育部任命著名的机电工程学家、留美理学博士、清华大学教授萨本栋为国立厦门大学校长。
萨本栋接掌厦大的第二天，“七七”卢沟桥事变爆发，抗日战争全面爆发。之后，国内的大部分高校都先后迁往西南内地。处于东南沿海的厦大迁往何处，就成为事关厦大命运的重大问题。
萨本栋认为“东南半壁的高等教育，还需要维持，所以决定不随流远徙”。根据萨校长的意见，经过多方比较和慎重选择，最后确定了内迁长汀的决定。
经过紧张的筹划和准备，1937年12月24日，厦大师生渡过鹭江、九龙江及十几条溪流，越过多座崇山峻岭，长途跋涉八百里，于1938年1月抵达闽西的长汀，1月17日厦大即开始复课。
厦门大学十七周年校庆在长汀留影
厦大内迁得到了长汀人民的竭诚支持。迁校之初，长汀就腾出了驻汀行署一部分和孔子庙，以及大批民房作为校舍，使厦大师生有了一个较好的生活学习环境。后来，为了适应厦大发展的需要，长汀县又拨出虎背山南麓旧中山公园土地共57亩，在两三年间兴建了各类教室、阅览室、实验室、图书馆、实习工厂、男女生宿舍，以及篮球场、大膳厅、蓄水池、发电厂等设施。之后，长汀又拨出东门外及卧龙山麓的大片土地及房屋，建成了10多座教职员宿舍，并扩建了厦大医院。经几年努力，厦大的校舍连成一片，几乎占据了半个长汀城。
厦门大学在长汀的校园平面图
如火如荼的抗日救亡运动，不仅唤醒了长汀人民，同时也教育了厦大师生，使他们开始走上了与工农民众相结合的正确道路，思想感情和世界观发生了深刻变化。可以说，正是长汀时期的艰苦环境及长汀优秀文化革命传统，教育和锻炼了厦大师生，使他们有机会从城市校园深入到山区农民之中，从而思想作风都发生了惊人的转变，形成了抗战时期优良的校风。
在战火纷飞的艰苦岁月里，厦大不仅在长汀站稳了脚跟，而且得到了重大发展，朝着陈嘉庚在创校之初提出的“南方之强”的目标奋进。
学科建设卓有成效。在萨校长“面向未来”教育观指导下，厦大把科学研究和人才培养作为学校的基本使命，对学生实施全面发展的“通才教育”。学校从抗战建国和自身优势出发，创办了工科，复办法科。1940年又对原有科系结构进行了调整，已由原文、理、商3学院9学系，扩展为文、理工、法、商4学院13学系。1944年又增设航空工程系。
厦大在长汀的艰苦年代中，成为学科齐全、科研成果显著，培养了大批各方面优秀人才的著名大学。
教育质量显著提高。学校一直把提高教育质量放在全部教学工作的首位，为此在萨本栋校长领导下，全校师生殚精竭力，采取了各种有效措施。
学校加强师资力量，形成了一支高水平的师资队伍。萨本栋校长任职后，厦大邀请到一批曾在国内外一流大学读书，深受多种文化熏陶，精通外语，学有专长的知名教授。如：有后来任校长的汪德耀、王亚南、训导长彭传珍、李培囿、文学院长周辨明、傅鹰、蔡镏生等。
从萨校长带头，全体教授都集中全力为学生授课；加强基础课程，安排最优秀的教授、副教授担任基础课程教学；推行文理科基础课程相互渗透，实行《语文特殊实验办法》，把语文课摆在最重要的位置；不断增设专业课程，建立了较完备的专业课程体系；实行严密的学制，允许学生在主系之外增修辅系；重视提高课外学术活动，活跃研习风气，扩大学生的知识面和增强专业能力；建立严格的考试制度等等。
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